ศูนย์สัตว์ทดลอง จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย จัดตั้งขึ้นโดยมติของสภามหาวิทยาลัย ในการประชุมครั้งที่ 734 เมื่อวันที่ 23 พฤษภาคม 2554 โดยมีวัตถุประสงค์ให้เป็นศูนย์กลางการเลี้ยงและการใช้สัตว์เพื่องานทางวิทยาศาสตร์ และผลิตสัตว์ทดลองที่มีคุณภาพสูงสำหรับการวิจัย การทดสอบ การผลิตชีววัตถุ และการสอน ตลอดจนพัฒนาบุคลากรที่เกี่ยวข้องให้มีความรู้ความชำนาญ เพื่อให้ผลงานเป็นที่ยอมรับทั้งในระดับชาติและระดับนานาชาติ
ประวัติเริ่มต้นก่อนที่จะมีการจัดตั้งศูนย์สัตว์ทดลอง จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยนั้น เริ่มตั้งแต่ปี พ.ศ. 2549 ในสมัยที่ศาสตราจารย์ คุณหญิง สุชาดา กีระนันท์ ดำรงตำแหน่งเป็นอธิการบดี และ ศาสตราจารย์ นายแพทย์ สุทธิพร จิตต์มิตรภาพ ดำรงตำแหน่งเป็นรองอธิการบดีด้านกิจการวิจัย ได้เล็งเห็นความสำคัญของการพัฒนางานสัตว์ทดลองของจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยให้ได้มาตรฐานเป็นที่ยอมรับทั้งในระดับชาติและระดับนานาชาติ จึงได้ตั้งคณะทำงาน โดยมี ศาสตราจารย์ นายสัตวแพทย์ ดร.อรรณพ คุณาวงศ์กฤต เป็นประธานและมีผู้แทนจากคณะสัตวแพทยศาสตร์ คณะแพทยศาสตร์ คณะทันตแพทยศาสตร์ คณะเภสัชศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์ คณะสหเวชศาสตร์ วิทยาลัยวิทยาศาสตร์สาธารณสุข และสถาบันเทคโนโลยีชีวภาพและวิศวกรรมพันธุศาสตร์ เข้าร่วมจัดทำแผนแม่บทเพื่อพัฒนางานสัตว์ทดลองของ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย หลังจากนั้นได้มีการจัดตั้งคณะทำงานเพื่อจัดทำแผนกลยุทธ์ว่าด้วยสัตว์ทดลองของจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย เพื่อจัดทำแผนและจัดหางบประมาณก่อสร้างศูนย์สัตว์ทดลองขนาดพื้นที่รวมประมาณ 4,000 ตารางเมตร โดยวิเคราะห์จากข้อมูลที่มีการเลี้ยงและการใช้สัตว์เพื่องานทางวิทยาศาสตร์ภายในจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยในขณะนั้น ซึ่งสัตว์ทดลองที่มีการใช้ประกอบด้วย สัตว์ฟันแทะ กระต่าย สุนัข สุกร ไก่ สัตว์เคี้ยวเอื้อง สัตว์น้ำ เป็นต้น จนกระทั่งในปี พ.ศ.2555 ศูนย์สัตว์ทดลองได้ดำเนินการก่อสร้างแล้วเสร็จในสมัยท่านอธิการบดี ศาสตราจารย์ นายแพทย์ ภิรมย์ กมลรัตนกุล ได้เปิดให้มีการดำเนินงาน โดยมีประวัติผู้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการศูนย์สัตว์ทดลอง ดังนี้
ผู้ช่วยศาสตราจารย์ นายสัตวแพทย์ ดร.ฐานิสร์ ดำรงวัฒนโภคิน ดำรงตำแหน่งตั้งแต่ ปี พ.ศ. 2556-2561
ผู้ช่วยศาสตราจารย์ นายสัตวแพทย์ ดร.สุวรรณเกียรติ สว่างคุณ ดำรงตำแหน่งตั้งแต่ ปี พ.ศ. 2562-2564
รองศาสตราจารย์ นายสัตวแพทย์ ดร.อนุศักดิ์ กิจถาวรรัตน์ ดำรงตำแหน่งตั้งแต่ ปี พ.ศ. 2565-ปัจจุบัน
ให้บริการวิชาการทางด้านพรีคลินิกในสัตว์ทดลองที่ตอบสนองต่อความต้องการของนักวิจัยทั้งภายในและต่างประเทศ
พัฒนาบุคลากรให้มีความรู้เกี่ยวกับ OECD-GLP เพื่อรองรับมาตรฐานสากล
จัดตั้งหน่วยบริการด้านเภสัชจลนศาสตร์และเภสัชวิทยาความปลอดภัยแบบครบวงจร
สร้างงานบริการวิชาการทางด้านพรีคลินิกในสัตว์ทดลองจากในประเทศและต่างประเทศเพื่อเป็นแหล่งรายได้ของศูนย์
สร้างบุคลากรศูนย์ที่มีความรู้เกี่ยวกับ OECD-GLP และได้รับมาตรฐาน OECD-GLP
สร้างหน่วยบริการด้านเภสัชจลนศาสตร์ และหน่วยบริการด้านเภสัชวิทยาความปลอดภัย
รักษามาตรฐาน AAALAC and มคกส
มีธรรมาภิบาลในการบริหารงาน และตรวจสอบได้
บุคลากรทำงานร่วมกันอย่างมีความสุข